Возобновлён при Епархиальном управлении в 2015 году в здании дореволюционной постройки, первоначально принадлежавшем духовному училищу.

История домового храма начинается в 1912 году, когда было начато строительство нового здания духовного училища. Строительство было завершено к 12 ноября 1914 года, но училище не смогло переехать в новое просторное и светлое помещение, так как здание было отдано под госпиталь.

Храм во имя Николая Мирликийского планировалось разместить на третьем этаже. Иконостас для него было решено перевезти из церкви погоста Раменья Великолукского уезда (ныне – Новосокольнический район), а церковную утварь получали от частных благотворителей.

Интересно архитектурное решение нового духовного училища: над его крышей возвышался крест. «По фасадной стороне здания имелся выступ на 2 аршина, поднимающийся несколько над третьим этажом, на главке этого выступа был утверждён металлический крест с призматическими стёклами, вызолоченный червонным золотом».

Долгое время в помещении, отведённом архитекторами под храм, располагался музей сельскохозяйственного института, а впоследствии – академии. С 2015 года, с момента передачи здания бывшего духовного училища Епархиальному управлению, ведётся реконструкция помещения, и регулярно проводятся богослужения.