Музей был открыт 12 февраля 1983 года в день празднования 25-летия Великолукского сельскохозяйственного института. Но работа над созданием экспозиции была начата ещё в 1981 году, тогда же музей получил название – «Музей трудовой и боевой славы института».

До лета 2015 года музей располагался на третьем этаже общежития №3 (улица Ставского, дом 63/4, бывшее здание духовного училища). Общая площадь музея составляла 102 квадратных метра. В этом скромном по размерам помещении хранились настоящие сокровища: подлинные документы и награды ветеранов Великой Отечественной войны, сотрудников и выпускников Академии, материалы о выдающихся выпускниках, об успехах сотрудников, о жизненном пути самого учебного заведения.

Первым директором музея была Таисия Михайловна Жаркова, она составила экспозиционный план музея, определила направление его развития на десятилетия вперёд. На смену Жарковой пришли кандидат сельскохозяйственных наук, доцент С.П. Овчинников и доцент Р.И. Петров.

Экспозиция музея делилась на 8 основных разделов:
- история института,
- развитие учебного процесса,
- становление научно-исследовательской работы,
- общественно-политическая деятельность сотрудников,
- интернациональные связи института-академии,
- культурная и спортивная жизнь в стенах вуза,
- выпускники,
- ветераны-работники академии, защищавшие Родину на фронтах Великой Отечественной войны.

В 2015 году здание по улице Ставского, дом 63/4 было передано Епархиальному управлению Великолукской епархии. В помещении музея разместилась домовая церковь Святителя Николая. Музейная экспозиция перевезена в новый корпус Академии. В декабре 2017 года, в дни празднования 60-летнего юбилея Академии, обновлённая экспозиция "Музея боевой и трудовой славы академии" была торжественно открыта на новом месте.